Il y a eu de sacrés "blancs" dans sa carrière, après son titre de champion du Monde, tu ne trouves pas ?
Quand Toulon l'a recruté, le pari semblait bien risqué, pas moindre que celui de faire venir James aujourd'hui à Perpignan
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Blessures et inactivité (2004-2006)
Jonny Wilkinson pendant la rencontre Angleterre-Italie du 10 février 2007.
En 2004, Wilkinson est blessé à l'épaule77 et ne peut participer avec l'équipe nationale ni au Tournoi des Six Nations, ni à la tournée en Australie et en Nouvelle-Zélande. Il assiste aussi en spectateur à la finale de la Coupe d'Angleterre gagnée par son club Newcastle face à Sale, l'équipe de Charlie Hodgson78. Bien que nommé capitaine de l'équipe d'Angleterre le 4 octobre 2004 en remplacement de Lawrence Dallaglio79, fraîchement retraité, il ne participe pas aux matchs internationaux de l'automne 2004 en raison d'un hématome au bras droit80. Jason Robinson81 et Martin Corry le remplacent comme capitaine. Il se blesse à un ligament du genou en janvier 200582,83 lors d'un match disputé avec son club de Newcastle en Coupe d'Europe contre Perpignan84 et ne peut donc pas participer aux premiers matchs du Tournoi des Six Nations 2005. Lors de son match de reprise le 13 mars 2005, il se blesse à nouveau.
Malgré son très faible temps de jeu lors des dix-huit derniers mois, il participe à la tournée des Lions britanniques et irlandais de 2005. Il dispute son premier match international depuis la Coupe du monde 2003 le 23 mai au Millennium Stadium contre les Pumas. L'équipe des Lions britanniques et irlandais joue mal85, mais Wilkinson marque 20 des 25 points de l'équipe, en réussissant six pénalités et une transformation, obtenant l'égalisation sur une pénalité accordée au bout de huit minutes d'arrêt de jeu. Et pourtant, cette équipe d'Argentine est privée de vingt-cinq de ses meilleurs joueurs en raison des championnats nationaux. La rencontre se termine donc par un match nul 25-2586. Il joue centre lors de la rencontre des Lions contre la Nouvelle-Zélande, perdu 21-387. Il est remplacé en cours de rencontre lors du second test match perdu 48-1888 en raison d'un traumatisme du plexus brachial. C'est Dan Carter qui brille en inscrivant deux essais, quatre transformations et cinq pénalités (trente-trois points), soit le meilleur total de points inscrits par un joueur contre les Lions89. Jonny Wilkinson ne participe donc pas au dernier match90,91, où Stephen Jones prend sa place. Il ne participe pas non plus aux rencontres préparatoires de pré-saison des Falcons au Japon en raison d'une appendicite. Après cinq matchs pour Newcastle, il est à nouveau écarté pour raison médicale à cause d'une hernie, due selon lui à ses entraînements intensifs qui comportent souvent au moins deux heures de tirs au but.
Jonny Wilkinson tirant une pénalité
Jonny Wilkinson s'entraîne avant la rencontre Angleterre-Italie du 10 février 2007.
Après plus de deux mois d'absence, Wilkinson est remplaçant lors du match du 12 février 2006 contre les London Irish mais il n'entre pas sur le terrain92. Il stoppe les entraînements le mardi suivant, en raison d'une blessure aux adducteurs93. En mars, il confie au Rugby World Magazine la conviction que son meilleur rugby reste à venir, ce malgré les nombreuses critiques se demandant si le joueur reviendra jamais au niveau de forme et de confiance qu'il avait avant sa série de blessures.
Wilkinson est remplaçant pour le match à Kingston Park contre les Sale Sharks le 16 avril94 et joue l'ensemble de la deuxième période. Il joue ensuite cinquante minutes de la demi-finale du Challenge européen contre les London Irish le 23 avril, mais finit le match en boitant. Il débute le dernier match de Falcons de la saison le 6 mai 2006 en tant que capitaine95 et transforme six des huit essais de son équipe, qui s'impose 54-19 contre les Leeds Tykes96.
Au début de la saison 2006-2007, le manageur général de Newcastle Rob Andrew nomme Matt BurkeNote 5 capitaine des Falcons à la place de l'ouvreur anglais97. Andy Robinson retient Wilkinson dans le groupe qui doit préparer la saison internationale 2006-200798. Lors du second match de la saison régulière du Guinness Premiership contre les Worcester Warriors le 8 septembre 2006, Wilkinson sort au bout de 47 minutes en raison d'une déchirure au ligament du genou provoquée par la chute d'un de ses coéquipiers sur lui93. Il joue entièrement le match gagné 26-21 contre l'équipe de Bristol le 3 novembre 2006, alors en tête du championnat, passant une transformation, un drop et deux pénalités. Souffrant des reins, il est de nouveau écarté des terrains l'espace de deux mois93.